自治体による補助金・負担金に関しては，以下のような問題があるかと思われます。
・新たな補助事業の創設の可否や，その要綱の内容
・補助金の申請に対する審査（支給決定をすべきか否か）
・補助金の支給決定の取消や返還請求の可否・要否

補助金に関する法律問題は，検討すべき法的論点が多岐で，特殊な問題も多いかと思われます。